Enfoque tecnológico: Química

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Crédito: Megaflopp/Shutterstock

Enfoque tecnológico: Química

Un resumen del software de química más reciente disponible para los investigadores

Con costos enormes y plazos de desarrollo prolongados asociados con la introducción de nuevos medicamentos en el mercado, se ha desarrollado una amplia selección de herramientas de software para ayudar a las organizaciones farmacéuticas a desarrollar nuevos medicamentos candidatos de manera más eficaz y eficiente.

En un mercado tan enormemente competitivo, incluso lanzar un medicamento al mercado unos meses antes puede afectar sustancialmente la rentabilidad. Del mismo modo, los contratiempos y los retrasos en el proceso de desarrollo e investigación pueden tener un gran impacto en el costo potencial de los medicamentos exitosos o en el éxito absoluto de un nuevo compuesto.

Hoy en día, existen varias categorías de herramientas de software, desde la curación de datos hasta la relación cuantitativa estructura-actividad (QSAR) e incluso herramientas especializadas basadas en ligandos.

También hay un número cada vez mayor de opciones de software impulsadas por inteligencia artificial y aprendizaje profundo que ofrecen un enorme potencial para acelerar la tubería de descubrimiento.

Digitalizar el conocimiento de química analítica

Los datos analíticos son fundamentales para las decisiones críticas que se toman todos los días. Sin embargo, con sus sistemas informáticos actuales, los datos todavía están atrapados en silos especializados o se abstraen demasiado en texto e imágenes que son difíciles de reutilizar. Digitalice y centralice el conocimiento analítico recopilado en sus laboratorios con Spectrus Platform, el entorno informático de búsqueda que habla el idioma de los datos analíticos.

La plataforma Spectrus proporciona:

Para obtener más información: www.acdlabs.com/ADM

ACD/Laboratorios desarrolla su software de plataforma Spectrus y Percepta para respaldar la investigación de descubrimiento de fármacos. La última versión de Spectrus proporciona funcionalidad para la salida estructurada legible por máquina, que tiene el potencial de ayudar a las partes interesadas en las organizaciones de I+D con aspiraciones de digitalizar los flujos de trabajo de laboratorio, reducir el grado de toma de decisiones basada en documentos y mitigar el riesgo de transposición manual de datos. .

Estos nuevos avances en la plataforma de software ayudan a ofrecer una nueva funcionalidad para los científicos que incluye: soporte de decisiones, flujo de datos mejorado e integraciones de hardware/software; expansión del control de instrumentos y la expansión de tecnologías basadas en navegador.

Fundada en 2018,Alvacienciase esfuerza por aumentar el valor de la investigación en quimioinformática a través de soluciones de software de alta tecnología que utilizan el aprendizaje automático y otras herramientas científicas.

Desde la curación de datos (alvaMolecule), el cálculo de descriptores moleculares y huellas dactilares (alvaDesc), el modelado de regresión y clasificación (alvaModel), el despliegue de los modelos (alvaRunner), hasta el diseño molecular de novo (alvaBuilder), se pueden utilizar los productos de AlvaScience. de forma independiente o como un conjunto de herramientas para abordar todo el flujo de trabajo de QSAR.

El componente alvaMolecule se concibió como una hoja de trabajo molecular en la que los conjuntos de datos moleculares se pueden visualizar como una cuadrícula de moléculas o como una hoja de cálculo; los datos adicionales proporcionados dentro de los archivos SMILES y MDL se importan automáticamente y se pueden usar, junto con los descriptores calculados y las propiedades fisicoquímicas, para ordenar y filtrar el conjunto de datos moleculares.

Bóveda de CDDes una plataforma informática completa que ayuda a los equipos de proyectos a administrar, analizar y presentar datos para empresas de biotecnología, CRO, laboratorios académicos, hospitales de investigación, empresas agroquímicas y de bienes de consumo.

Creado para equipos de descubrimiento de fármacos, CDD Vault dice que la interfaz web es intuitiva para principiantes y poderosa para usuarios experimentados, lo que permite la migración de datos sin necesidad de experiencia en TI. CDD Vault permite a los usuarios acceder a todos sus datos de investigación desde cualquier navegador web moderno. Pueden buscar cualquier experimento o explorar los resultados en gráficos y tablas SAR. Filtre, codifique con colores y resalte las subestructuras para buscar patrones rápidamente.

CDD Vault se entrega como una solución alojada que es rentable para laboratorios académicos, nuevas empresas y empresas biofarmacéuticas. CDD Vault viene con soporte interno y puede ampliarse a medida que crecen los equipos.

Certara ha agregado capacidades de aprendizaje profundo a su plataforma de software de informática científica, D360. La adición de la nueva IA permitirá a los científicos de descubrimiento integrar múltiples fuentes de datos estructurados y no estructurados y mejorar sustancialmente las predicciones y el análisis de contenido relacionado con moléculas pequeñas y fármacos biológicos.

El lanzamiento de D360 con análisis de aprendizaje profundo avanzado incluye predicción automatizada de propiedades, generación de estructuras novedosas y acceso a datos no estructurados.

Los modelos predictivos de aprendizaje profundo entrenados en estructuras químicas públicas y patentadas y datos biológicos proporcionarán predicciones cuantitativas o categóricas que mejorarán la priorización de sustancias.

Luchar Simcyp Simulator Versión 22 de Simcyp Simulator incluye nuevas capacidades y funciones actualizadas para la plataforma de simulación y modelado basado en la población de la empresa. El simulador ha probado casos de uso en el desarrollo de fármacos, incluida la primera dosificación en humanos, la extrapolación a poblaciones especiales, las pruebas de bioequivalencia, la optimización del diseño de estudios clínicos y la predicción de interacciones farmacológicas (DDI). Las nuevas capacidades en la versión 22 incluyen una biblioteca de compuestos ampliada, mejora de las capacidades de dosificación subcutánea y modelado mecánico ampliado.

CrestaEl software está respaldado por métodos científicos patentados que utilizan la electrostática molecular 3D y la forma para arrojar luz sobre las propiedades y el comportamiento de las estructuras químicas y, lo que es más importante, para comprender las interacciones clave que sustentan la actividad biológica.

Flare es una solución de diseño de fármacos basada en estructura y ligando ágil, mientras que Spark es un reemplazo de grupo R y salto de andamio para generar ideas innovadoras para proyectos de descubrimiento.

Flare permite a los químicos inspeccionar de cerca los detalles de sus complejos ligando-proteína, utilizando una variedad de métodos para obtener información útil sobre sus objetivos de proteínas y series de ligandos. Como nuestro paquete de software más repleto de funciones, los diseñadores de fármacos basados ​​en ligandos y basados ​​en estructuras son compatibles para avanzar en la optimización de sus prospectos.

Iktos se especializa en el desarrollo de soluciones de IA aplicadas a la investigación química, más específicamente química médica y diseño de nuevos fármacos. La plataforma tecnológica de Iktos está diseñada para permitir importantes ganancias de productividad en la I+D farmacéutica upstream. Iktos ha desarrollado Makya, una plataforma SaaS completamente automatizada para el diseño de fármacos de novo que permite la identificación rápida de moléculas que satisfacen múltiples criterios similares a los de los fármacos para acelerar el descubrimiento y desarrollo de fármacos. Makya es adecuado tanto para el diseño de cables virtuales basados ​​en ligandos como en estructuras y permite la optimización multiparamétrica (MPO) de moléculas de plomo hacia posibles candidatos a fármacos preclínicos.

comprensión El software de aprendizaje profundo Alchemite resuelve problemas de datos del mundo real, acelerando la innovación en materiales, productos químicos y fabricación. Alchemite proporciona acceso basado en la web a herramientas de análisis de datos, creación de modelos, optimización y predicción, con una visualización gráfica intuitiva de los resultados. Los científicos o ingenieros pueden comenzar rápidamente, según Alchemite, no se requieren habilidades de codificación.

Alchemite Analytics puede acelerar la investigación, solo toma unos minutos entrenar modelos que toman horas o días a los métodos convencionales de aprendizaje automático.

OpenEye científico desarrolla Orion, una plataforma de software en la nube para diseño y simulación molecular. Este software reduce el requisito de ejecutar y mantener hardware de infraestructura costoso. Con Orion, puede acceder a las herramientas computacionales de OpenEye en la nube. Ejecutar estas soluciones en AWS (Amazon Web Services) significa que los usuarios pueden resolver preguntas de modelado que anteriormente podrían haber sido imposibles debido al tiempo de cómputo o las limitaciones del hardware.

Las Orion Science Suites agrupan funciones complementarias en soluciones: Orion Small Molecule Discovery Suite para el diseño basado en estructuras y ligandos, Orion Antibody Discovery Suite para el diseño de diversas bibliotecas de anticuerpos, Orion Formulations Suite para la predicción de estructuras cristalinas y Orion Gaussian Module para cálculos de química cuántica en la nube

de Optibrium El software Stardrop tiene como objetivo proporcionar una plataforma completa para el diseño, la optimización y el análisis de datos de moléculas pequeñas. StarDrop ofrece tecnologías in silico dentro de una interfaz visual, diseñada para permitir un flujo fluido desde los datos más recientes a través del modelado predictivo hasta la toma de decisiones. Esto ayuda a los usuarios a mejorar la velocidad, la eficiencia y la productividad del proceso de descubrimiento.

Cerella funciona con Alchemite, un método de aprendizaje profundo desarrollado por Intellegens, socio tecnológico de Optibrium. En colaboración con socios farmacéuticos y biotecnológicos,

Optibrium ha mostrado los beneficios de Alchemite sobre el modelado convencional

métodos en estudios revisados ​​por pares, lo que resulta en reducciones en el costo y el tiempo de los ciclos de descubrimiento. Cerella ha colaborado con varias organizaciones farmacéuticas y de biotecnología para demostrar sus beneficios, trabajando con conjuntos de datos desde el nivel de proyecto individual hasta investigaciones a nivel de repositorio de datos de compuestos globales.

de Merck El software de retrosíntesis Synthia está impulsado por algoritmos que pueden ayudar a los expertos a acceder y hacer uso de grandes cantidades de datos sobre síntesis química recopilados durante décadas de investigación. Synthia proporciona información invaluable que puede señalar la mejor ruta posible para ejecutar, minimizando el costo, la cantidad de pasos y la mejor oportunidad de hacer la molécula requerida con las propiedades deseadas. Esto puede reducir drásticamente el tiempo que le toma a un químico pensar en una ruta viable para embarcarse en el laboratorio.

La herramienta funciona aprovechando el potencial de los algoritmos avanzados impulsados ​​por más de 100 000 reglas de reacción codificadas a mano, examinando minuciosamente las posibilidades retrosintéticas y al mismo tiempo examinando lo que se ha hecho, lo que se podría hacer y qué materiales de partida están disponibles.